Singularity unter Linux installieren

Singularity wird auf einem 64 Bit Linux installiert. Abhängig davon welche Version man nutzen möchte gibt es verschiedene Möglichkeiten Singularity zu installieren. Generell ist der aktuellste Release immer die beste Wahl, da die Singularity-Container immer abwärtskompatibel und aktuelle Sicherheitslücken gepatched sind. So kann ich einen mit Singularity 2.4 erstellten Container unter Singularity 3.2 starten, wohingegen anders herum kein Arbeiten möglich ist.

Abhängigkeiten installieren

• folgende Abhängigkeiten sollten installiert werden:

$ sudo apt-get update && sudo apt-get install -y \
build-essential \
libssl-dev \
uuid-dev \
libgpgme11-dev \
squashfs-tools \
libseccomp-dev \
wget \
pkg-config \
git

Go installieren

• aktuelle Versionen von Singularity sind in Go geschrieben und benötigen eine aktuelle Go-Version

Installation über das APT-Paketmanagementsystem

$ sudo apt-get install golang -y

• Go dependency management tool installieren:

$ sudo go get -u github.com/golang/dep/cmd/dep

Installation (der aktuellsten Version) über das tar-Archiv

• Download eines aktuellen tar-Archivs: https://golang.org/dl/

• tar-Archiv entpacken:

$ sudo tar -C /usr/local -xzf go$VERSION.$OS-$ARCH.tar.gz

• Umgebung einrichten:

$ echo 'export GOPATH=${HOME}/go' >> ~/.bashrc && \
echo 'export PATH=/usr/local/go/bin:${PATH}:${GOPATH}/bin' >> ~/.bashrc && \
source ~/.bashrc

• Go dependency management tool installieren:

$ sudo go get -u github.com/golang/dep/cmd/dep

Test der Go-Installation

• folgender Befehl gibt Auskunft über die installierte Go-Version:

$ go version

Singularity über APT installieren

• aktuell verfügbare Version 2.6

$ sudo apt-get install singularity-container -y

Singularity über die Quelle installieren (empfohlen)

• Download:

$ mkdir -p $GOPATH/src/github.com/sylabs && \
cd $GOPATH/src/github.com/sylabs && \
git clone https://github.com/sylabs/singularity.git && \
cd singularity && \
git checkout v3.2.1

• Kompilieren:

$ ./mconfig && \
make -C ./builddir && \
make -C ./builddir install

• alternativ kann man natürlich auch andere Pfade wählen mit $ ./mconfig --prefix=/opt/singularity

• für die bash-completion:

$ echo '. /usr/local/etc/bash_completion.d/singularity' >> ~/.bashrc

• evtl. muss der Pfad noch zur PATH-Variable hinzugefügt werden:

$ export PATH=$PATH:/usr/local/bin

Entfernen der Singularity-Installation

• Verzeichnisse entfernen:

$ sudo rm -rf 
/singularity \
/usr/local/libexec/singularity \
/usr/local/var/singularity \
/usr/local/etc/singularity \
/usr/local/bin/singularity \
/usr/local/bin/run-singularity \
/usr/local/etc/bash_completion.d/singularity

Test der Singularity-Installation

• folgender Befehl zeigt die installierte Singularity-Version an:

$ singularity --version