Singularity unter Linux installieren

Singularity wird auf einem 64 Bit Linux installiert. Abhängig davon, welche Version man nutzen möchte, gibt es verschiedene Möglichkeiten Singularity zu installieren. Generell ist der aktuellste Release immer die beste Wahl, da die Singularity-Container immer abwärtskompatibel und aktuelle Sicherheitslücken gepatched sind. So kann man einen mit Singularity 2.4 erstellten Container unter Singularity 3.2 starten, wohingegen anders herum kein Arbeiten möglich ist.

Abhängigkeiten installieren

• Folgende Abhängigkeiten müssen installiert werden:

$ sudo apt-get update && sudo apt-get install -y \
build-essential \
libssl-dev \
uuid-dev \
libgpgme11-dev \
squashfs-tools \
libseccomp-dev \
wget \
pkg-config \
git

Go installieren

• Aktuelle Versionen von Singularity sind teilweise in Go geschrieben und benötigen eine aktuelle Go-Version.

Installation über das APT-Paketmanagementsystem

$ sudo apt-get install golang -y

• Dependency management tool für Go installieren:

$ sudo go get -u github.com/golang/dep/cmd/dep

Installation (der aktuellsten Version) über das tar-Archiv

• Download eines aktuellen tar-Archivs: https://golang.org/dl/

• tar-Archiv entpacken:

$ sudo tar -C /usr/local -xzf go$VERSION.$OS-$ARCH.tar.gz

• Umgebung einrichten:

$ echo 'export GOPATH=${HOME}/go' >> ~/.bashrc && \
echo 'export PATH=/usr/local/go/bin:${PATH}:${GOPATH}/bin' >> ~/.bashrc && \
source ~/.bashrc

• Go dependency management tool installieren:

$ sudo go get -u github.com/golang/dep/cmd/dep

Version der Go-Installation

• Folgender Befehl gibt sowohl Auskunft über die installierte Go-Version, als auch darüber, ob Go korrekt installiert wurde:

$ go version

Singularity über APT installieren

• aktuell verfügbare Version 2.6 in Ubuntu 18.04 (Stand 12.06.19)

$ sudo apt-get install singularity-container -y

Singularity über die Quelle installieren (empfohlen)

• Download:

$ mkdir -p $GOPATH/src/github.com/sylabs && \
cd $GOPATH/src/github.com/sylabs && \
git clone https://github.com/sylabs/singularity.git && \
cd singularity && \
git checkout v3.2.1

• Kompilieren:

$ ./mconfig && \
make -C ./builddir && \
sudo make -C ./builddir install

• Alternativ kann man natürlich auch andere Pfade wählen mit: $ ./mconfig --prefix=/opt/singularity

• für die bash-completion:

$ echo '. /usr/local/etc/bash_completion.d/singularity' >> ~/.bashrc

• Evtl. muss der Pfad noch zur PATH-Variable hinzugefügt werden:

$ export PATH=$PATH:/usr/local/bin

Entfernen der Singularity-Installation

• Verzeichnisse entfernen:

$ sudo rm -rf 
/singularity \
/usr/local/libexec/singularity \
/usr/local/var/singularity \
/usr/local/etc/singularity \
/usr/local/bin/singularity \
/usr/local/bin/run-singularity \
/usr/local/etc/bash_completion.d/singularity

Version der Singularity-Installation

• Folgender Befehl zeigt die installierte Version an und bestätigt damit, dass Singularity korrekt installiert wurde :

$ singularity --version