42019-06-18 09:52:10thunert@cbs.mpg.deMetadaten32019-06-17 09:19:09thunert@cbs.mpg.deDef.File anzeigen22019-06-17 07:48:16hayd@cbs.mpg.de12019-06-14 14:18:48thunert@cbs.mpg.deWorkflow

Diese Seite soll kurz beschreiben wie ein einfacher Workflow mit Singularity aussehen kann und gibt eine kurze Übersicht über oft genutzte Befehle.

Root-Rechte sind notwendig! Alternativ kann man über den Remote Buildservice von Sylabs.io ohne Root-Rechte bauen. Dazu hier mehr. Bau eines einfachen read-only (default) Containers aus einem selbst geschriebenen Definition Files: Bau eines beschreibbaren bzw. veränderbaren Containers aus einem selbst geschriebenen Definition Files: -s steht hier für Sandbox alternativ kann auch --sandbox verwendet werden Bau eines Containers aus einer Containerquelle wie dem Docker Hub: Bau aus eines beschreibbaren Containers aus einem read-only Container:

Anzeigen der Linux-Version des Containers: Nachinstallieren eines Pakets in den Container: Der Container wird verändert und muss mit Schreibberechtigung (--writable) gestartet werden. Root-Rechte sind zum Installieren von Paketen notwendig. Erstellen einer Datei: Der Container wird verändert, da eine neue Datei an "/" erstellt wird und somit muss er mit Schreibrechten gestartet werden. Es sind keine Root-Rechte notwendig.

Container wird gestartet (%runscript-Section des Definition Files wird ausgeführt): Alternativ lässt sich ein Container so starten: Argumente können hier übergeben werden: Wahlweise können weitere Verzeichnisse eingebunden werden: Das Verzeichnis /opt des Hosts ist unter /opt im Container erreichbar. Das Verzeichnis /data des Hosts ist unter /mnt im Container erreichbar.

Zeigt alle laufenden Singularity-Instanzen an: Starten einer Singularity-Instanz: Stoppen einer Singularity-Instanz: Stoppen aller Singularity-Instanzen:

Starten einer Shell in einem Container: Starten einer Shell in einer Singularity-Instanz:

Containerbeschreibung eines lokalen Containers anzeigen:

Das Definition File(s) anzeigen, mit dem dieser Container gebaut wurde: Container können aus Containern gebaut werden. Wenn diese auch aus Definition Files gebaut worden sind, ist eine Historie innerhalb des Containers in folgendem Verzeichnis zu finden:

Die Labels entsprechen den im Definition File angegebenen Metadaten wie etwa Autor oder Version.